
Мечеть была построена на маленьком холме по имени Гебель Яшкур - "Холме Благодарения". Великая церемониальная мечеть была предназначена как показатель силы и могущества Ибн Тулуна и его столицы Аль-Каттаи, которая служила административным центром для династии Тулунидов.
Аль-Каттаи был снесен в начале 10-ого столетия нашей эры, и мечеть - единственное сохранившееся строение того времени.

Ныне мечеть - это разнородный комплекс размером 120х 130 м. Как и другие ранние каирские мечети, она представляет собой открытый двор с навесами-аркадами вдоль стен. Кроме собственно мечети есть еще помещения религиозных школ-медресе.
Подлинную славу Аль-Азхар принес основанный при ней вскоре после строительства исламский университет. Это самое авторитетное в исламском мире учебное заведение такого рода. В нем учатся студенты из разных стран, в том числе и из России.
Многочисленные добавления к первоначальному архитектурному облику мечети делают ее весьма живописной. У одного из минаретов уникальная форма - раздвоенная верхушка.

Назначение мечети определило размеры её открытого двора: 120х113 метров. По своему плану мечеть Аль-Хакима близка мечети Ибн Тулуна. У входа в мечеть Аль-Хакима были воздвигнуты два прекрасных минарета, украшенные резным орнаментом, состоящим из растительного узора и шестиконечных звёзд.
Во время землетрясения 1302 года оба минарета упали и были восстановлены султаном Байбарсом в 1309 году наподобие минаретов его собственной мечети, построенной в 1306 году на соседней улице.
Жерар де Нерваль так писал о Хакиме: "Кем бы он ни был - богом или человеком, халиф Хаким, столько раз оклеветанный коптскими и мусульманскими историками, по-видимому, стремился установить царство разума и справедливости. Я увидел в новом свете события, описанные аль-Макином, аль-Макризи, ан-Нувейри и другими писателями, чьи книги читал в Каире, и я оплакивал горькую судьбу, которая обрекает всех реформаторов, пророков, мессий на насильственную смерть, а позднее на людскую неблагодарность".

Здание было построено Султаном Хассаном бин аль-Насером Муххамедом Калавумом в 1356 г., для того, чтобы быть мечетью и религиозной школой для всех четырех юридических ветвей суннитского Ислама. Это было разработано так, чтобы у каждой из четырех школ мысли - Шафи, Малики, Ханафи и Ханбали - была своя собственная область при разделе мечети.
Строительство началось в 1356 г. нашей эры и закончилось 7 лет спустя в 1363 нашей эры. Один из минаретов разрушился во время строительства, убив 300 человек. Государство было в состоянии финансировать постройку массивной структуры несмотря на потери от чумы.
Султан был убит прежде, чем мечеть была закончена. Великолепный мавзолей, который был предназначен для него, содержит вместо него двух его сыновей.
Фасад мечети 76 метров длиной и 36 метров высотой. Карнизы, входная дверь, мавзолей и монументальная лестница особенно примечательны.

Мечеть была сооружена в XVIII в. на месте своей развалившейся предшественницы над усыпальницей мусульманского святого Абу Аль-Аббаса Аль-Морси (1219-1287). Выходец из Андалусии, Абу стал шейхом братства Шадхели, основанного Абу Аль-Хасаном Аль-Шадхели.
Практически полностью перестроенная в 1944 г., мечеть считается шедевром строительного искусства. Мастерски выполнены орнаменты четырех куполов и минарета высотой 73 м, декор фасадов и резной минбар -кафедра, с которой читаются пятничные проповеди.

Местоположением мечети стало то место, на котором стояла палатка командующего завоевательной армии, генерала Амра ибн аль-Аса. Оригинальное расположение мечети было простым прямоугольником, 29 метров длиной, 17 метров шириной.
Это был низкий навес с колоннами, сделанными из стволов пальмы, стены из камней и кирпичей из глины и грязи, крыша покрывалась листьями пальм и ветками деревьев. Пол был из гравия. Сооружение было достаточно большим, чтобы предоставить молитвенное место для армии Амра, но она не имела никаких украшений и минаретов.
В одном углу мечети находится могила его сына, Абдуллы. Из-за обширной реконструкции за прошедшие столетия, ничто от оригинального здания не осталось, но восстановленная мечеть - видный ориентир, и может быть замечена в том месте, коим сегодня именуется как "Старый Каир".
Это действующая мечеть, и в то время, когда не проводится молитв, её двери открываются для посетителей и туристов.

В январе 2008 началась её обширная реконструкции.