Элефантина располагалась на границе Египта и Нубии. Остров служил превосходной защитой для города и был естественным перевалочным пунктом для речных торговых экспедиций. Город, лежавший на юго-восточном конце острова, являлся столицей I нома Верхнего Египта.
Многие памятники Элефантины были уничтожены уже в XIX веке. Так, в материалах экспедиции Наполеона Бонапарта в Египет (1798-1802 гг.) сохранились зарисовки красивейших святилищ-периптеров Тутмоса III и Аменхотепа III, некогда стоявших на острове и от которых в наши дни, увы, не осталось и следа. Систематические раскопки на острове выявили значительное количество блоков с именами и рельефами фараонов XVIII-XIX династий, которые некогда составляли часть монументальных храмовых сооружений, посвященных Хнуму.

Элефантина считалась священным местом Хнума, бараноголового бога-демиурга, который управлял водами Нила, вытекавшими, как считали древние египтяне из пещер, расположенных под островом. Ему поклонялись здесь как главе триады, включавшей помимо Хнума его жену Сатис (Сатет) и их дочь Анукис (Анукет).
Если в Новом царстве Элефантина находилась под управлением "царского сына Куша", то в Позднее время она вновь стала исконно египетской крепостью, стоявшей на страже южных рубежей страны от нубийских кочевых племен. Нектанеб II значительно расширил храм Хнума, а Александр IV возвел здесь гигантские гранитные ворота, которые и по ныне возвышаются на территории развалин храма овноголового бога. В 1907-1908 гг. в подземельях храма были обнаружены погребения священных овнов Хнума, снабженных уникальными позолоченными погребальными масками.
Германские исследования острова, которые велись с невероятной тщательностью и аккуратностью, позволили проследить архитектурную историю Элефантины - от скромных додинастических святилищ и вплоть до грандиозных птолемеевских святилищ Хнума и богинь его круга, первые пилоны которых возвышались на искусственной платформе над Нилом в восточной части острова. Греко-римское время стало периодом нового расцвета Элефантины и Асуана, в котором по приказу Птолемеев III и IV был воздвигнут храм Исиды; небольшое святилище было установлено Птолемеем IV на острове Сехель, новые колоннады были построены на острове Биге.

Ко времени правления Тутмоса III относятся фрагменты так называемого календаря из Элефантины. В древности Асуан был знаменит гигантским колодцем, дно которого освещалось солнцем ровно в полдень в день летнего солнцестояния. Греческий математик Эратосфен предположил, что Асуан лежит в области Тропика Рака; он азимут солнца в Александрии в этот же день и, узнав, что расстояние от Александрии до Асуана равно 1/15 круга, с довольно высокой точностью рассчитал длину окружности земного шара.
В римское время Элефантина была связана с Сиеной на восточным берегом Нила каменным арочным мостом; сам город, ставший местом расположения римского гарнизона, имел очень четкую структуру, большие кварталы, различавшиеся по степени зажиточности обитателей. Часть населения, в особенности жрецы и мастера, возводившие храмы, обитала на самой Элефантине.