Строгий облик храма разнообразили статуи царицы Хатшепсут в облике Осириса: колонны, на капителях которых была высечена голова богини Хатхор; росписи и раскрашенные рельефы, на многих из которых изображалось путешествие в далёкую страну Пунт. Этот комплекс значительно отличается от храмов других египетских владык. Его архитектура и расположение были так же необычны, как и само появление на исторической арене женщины-фараона. Царица Хатшепсут (1479-1458 гг. до н. э.) была единственной в истории Египта женщиной-фараоном.

Ей воздавались все подобающие фараонам светские и религиозные почести, ее изображали, как и полагалось настоящему фараону, с атрибутами Осириса, с привязанной под подбородком бородой. Женщина-фараон Хатшепсут была личностью незаурядной. Царица на протяжении многих лет будила фантазию романистов и загадывала египтологам все новые загадки. После смерти своего отца - Тутмоса I - она вышла замуж за своего же сводного брата Тутмоса II. Когда он умер в довольно раннем возрасте, единственным его наследником стал малолетний Тутмос III, сын одной из младших жен фараона. Хатшепсут от его имени правила государством и держалась на троне в течение 22 лет.
Во время своего царствования Хатшепсут не столько воевала, сколько сооружала новые и восстанавливала старые храмы. В годы правления царицы в долине Нила велись значительные строительные работы, в том числе перестраивался и расширялся храм Амона в Карнаке. Вероятно, Хатшепсут тем самым стремилась обессмертить свое имя. С её именем связана также далёкая морская экспедиция в далекую страну Пунт. Прославлению царицы Хатшепсут служили её многочисленные изваяния. До сих пор смерть Хатшепсут остается загадкой. Ее мумия не идентифицирована. Не подтверждена также и версия, будто она была убита Тутмосом III.
Храм Хатшепсут построен рядом с храмом фараона Ментухотепа I, который почитался как родоначальник фараонов XVIII династии. Царица Хатшепсут тем самым хотела подчеркнуть свое право на захваченный ею в обход законного наследника престол.
Строительство заупокойного храма началось еще при жизни царицы Хатшепсут. Его строил придворный архитектор Сенмут. Возводя храм, Сенмут заготовил в нем тайную гробницу и для себя, и оставил в одном из потаенных уголков храма свой портрет.
Роскошное убранство храма Хатшепсут просуществовало недолго. После смерти царицы взошедший на престол законный наследник Тутмос III первым делом приказал истребить по всей стране все изображения своей предшественницы и стереть все надписи, где упоминалось ее имя. Все скульптуры храма были разбиты и зарыты неподалеку, где много столетий спустя, их и обнаружили археологи.