Общий архитектурный проект музея был выполнен египетским архитектором Махмудом Эль-Хакимом, который также известен как автор здания Луксорского музея. В 2001 г. Нубийский музей был удостоен премии престижной премии Ага Хана в области архитектуры.
Коллекция музея насчитывает более 3000 экспонатов, найденных во многих городах и храмах Нубии, а его площадь составляет 10 тыс. м2. В композиции музея использован целый ряд элементов, характерных для нубийской архитектуры. Стены и полы внутренних помещений отделаны местными материалами, в частности розовым мрамором. Потолки представляют собой ажурные деревянные решетки.
Центральный экспонат всего музейного комплекса - гигантский восьмиметровый макет Нубии с древними городами и храмами. Массивная лестница спускается из первого зала вниз, к восьмиметровому колоссу Рамсеса II, выполненному из песчаника и некогда находившемуся во дворе храма Рамсеса II в Герф Хуссейне.
Образ Нила представлен каналом, имитирующим Нил, который окаймлен изображениями местной флоры и фауны. В наружной выставочной зоне, изображающей долину Нила, выставлены пещерные доисторические рисунки зверей, традиционный нубийский дом, театр на 500 человек, две усыпальницы, а также несколько захоронений Фатимидов, римлян и коптов.Кроме того, в коллекцию музея входят уникальные мумии священных овнов бога Хнума из подземелий его храма на острове Элефантина, статуи правителей Асуана эпохи Среднего царства, элементы солнечного и лунного святилищ, некогда находившихся перед храмом Рамсеса II в Абу-Симбеле.
Из Египетского музея в Каире были перевезены статуи правителей страны, имеющих нубийское происхождение, - фараона XXV династии Тахарки, его сестры Аменердис II, а также Анхнеснеферибры II - последней верховной жрицы Амона Фиванского перед завоеванием Египта персами в 525 г. до н. э.
