Река берёт начало на Восточно-Африканском плоскогорье и впадает в Средиземное море, образуя на территории Египта дельту. В верхнем течении принимает крупные притоки - Бахр-эль-Газаль (левый) и Асва, Собат, Голубой Нил и Атбара (правые). Ниже устья правого притока Атбары Нил течёт по полупустыне, не имея притоков на протяжении последних 3000 км. Дельта Нила является одним из самых плодородных мест на земле, и за тысячелетия нисколько не утратила своего значения для экономики всего Египта.
В 20 км севернее египетской столицы Каира начинается растущая дельта Нила с многочисленными рукавами, протоками и озёрами, которая тянется на 260 км вдоль побережья Средиземного моря от Александрии до Порт-Саида. Она образовалась на месте морской бухты, постепенно заполнившейся речными наносами. По площади (24 тыс. км2) дельта Нила почти равна Крымскому полуострову.
"Дельтой" устье Нила назвали греческие географы, которые сравнили его треугольную форму с буквой "Дельта" греческого алфавита, дав таким образом название всем речным дельтам земного шара. Осадки, которые Нил выносит в Средиземное море, создают великолепную пищевую базу для рыбных богатств Восточного Средиземноморья.
По особенностям природных условий бассейна, по характеру гидрографического режима и по тому значению, которое Нил имеет в жизни народов, населяющих его долину, это одна из самых своеобразных и замечательных рек мира. Средний расход у Асуана составляет 2 600 м3/сек, но в разные годы возможны колебания от 500 м3/сек до 15 000 м3/сек.

Здесь Нил делает большую излучину, прорезая плато, сложенное твёрдыми песчаниками, и пересекает ряд порогов (катаракты). Всего между Хартумом и Асуаном насчитывается 6 порогов. Первый из них, ближайший к устью, находится в районе Асуана, к северу от Асуанской плотины.
Вплоть до 60-х годов XX века (то есть до возведения на территории Египта Высотной Асуанской плотины в 270 км от суданско-египетской границы) пороги представляли серьёзное препятствие для сплошного судоходства. В районе порогов круглогодичное плавание было возможно лишь на лодках. Для постоянного судоходства использовались участки между Хартумом и Джубой, Асуаном и Каиром, Каиром и устьем Нила.
Теперь здесь разлилось искусственное водохранилище: озеро Насер, откуда Нил вновь направляется на север сквозь плодородную долину шириной 20-50 км, которая в начале антропогена была заливом Средиземного моря.