Во время правления XVIII династии Ком-Омбо был столицей независимой провинции, а в эпоху Птоломеев - столицей нома. Тутмос III возвел здесь храм, посвященный Хоруру, или Старшему Хору, брату Осириса, Себеку и его матери Хатхор. К сожалению, от этого святилища остались лишь архитектурные фрагменты. Также известны фрагменты сооружений, построенных здесь Аменхотепом I и Рамсесом II. В настоящее время древний город все еще погребен под песком; расчищены лишь главный храм Ком Омбо, находящийся на значительном возвышении и хорошо заметный с Нила.
Двойной храм Себека и Хорура в Ком-Омбо, построенный в греко-римский период, живописно расположен на холме на восточном берегу Нила в 50 км севернее Асуана. Птолемей VI Филометор начал здесь строительство необычного двойного храма предположительно на месте культовых строений XII, XVIII и XIX династий. Декорирование храма было закончено только во II-III веках нашей эры. Его планировка считается единственной в своем роде: это на самом деле двойной храм, образованный из двух соседних храмов.Одно крыло храма посвящено Себеку, богу изобилия и творцу мира, почитавшемуся в облике крокодила. Другое крыло посвящено сокологоловому богу Хароерису (Хоруру или Хору Старшему). Хорур почитался здесь как глава триады, в которую входила также его жена, богиня Тасенетнофрет, и их сын, бог Панебтауи. Другая божественная триада Ком-Омбо состояла из Себека, его жены Хатхор и их сына Хонсу.
На внешней поверхности храмовой стены сохранились многочисленные сцены предстояния царей перед различными божествами, среди которых находится знаменитый рельеф с изображением ритуальных и хирургических инструментов, которые фараон жертвует Хоруру, богу, издревле считавшемуся великим целителем. В задней стене храма сохранилась ложная дверь, в центральной нише которой сохранились изображения "слышащих" ушей, "видящих" глаз и собственно фигур двух богов, причем Себек держит в руках скипетр с головой льва, а Хорур - нож с человеческими ногами.Между двумя богами помещен прославляющий их гимн, а над нишей - образ богини Маат, поднимающей руками небо и фигуры четырех ветров, изображенных в виде льва, орла, быка и многоголового змея, символика которых, вероятно, стала прообразом для гораздо более поздних христианских изображений евангелистов.
Неподалеку от храма находится сложная система каналов и бассейнов, в которых некогда содержались священные крокодилы, окруженные в Ком Омбо особенным почтением.
Около восточной стены комплекса также находилось небольшое святилище Хатхор, построенное при Домициане; здесь были обнаружены многочисленные захоронения священных крокодилов в особых глиняных саркофагах.
Значительная часть храма была разрушена Нилом, землетрясениями, и более поздними "строителями", использовавшими храм в качестве каменоломни. Тем не менее рельефы храма все еще сохраняют свою полихромную раскраску. К северо-западу от храма Себека и Хорура располагается птолемеевский храм, посвященный Исиде.
